Ustawa z dnia 8 stycznia 1999 r. wprowadziła nowe struktury oświatowe. W miejsce ośmioklasowej szkoły podstawowej utworzona została sześcioletnia szkoła podstawowa i trzyletnie gimnazjum.

W związku z tym Rada Gminy w Małdytach Uchwałą nr VI/52/99 z dnia 31 marca 1999 r. założyła Gimnazjum w Małdytach. Akt założycielski został podpisany przez Wójta Gminy inż. Zdzisława Szramowskiego w dniu 25.08.1999 r.

Na stanowisko dyrektora powołana została Pani mgr Jolanta Łuczak (fot.). Siedzibą szkoły został budynek Szkoły Podstawowej w Małdytach przy ulicy Szkolnej 9. W pierwszym roku istnienia placówka liczyła 3 oddziały, w których uczyło się 82 uczniów. Pracowało z nimi 12 nauczycieli.

dyr old
Zajęcia odbywały się w salach lekcyjnych szkoły podstawowej. W roku szkolnym 2000/2001 liczba oddziałów wzrosła do 6, uczniów do 147. Kadra pedagogiczna liczyła 15 nauczycieli. W 2000 r. Rada Gminy w Małdytach postanowiła o rozpoczęciu budowy nowego budynku szkolnego z przeznaczeniem dla gimnazjum. 16 marca 2001 r. odbyła się uroczystość wmurowania kamienia węgielnego pod budowę nowego obiektu, w której uczestniczyli między innymi: Marszałek Województwa Warmińsko-Mazurskiego – Andrzej Ryński, Starosta Ostródzki - Jan Antochowski, Dyrektor Wydziau Szkolnictwa Kuratorium Oświaty – Larysa Kojro, Wójt Gminy Małdyty – Zdzisław Szramowski, Dyrektor Gimnazjum – Jolanta Łuczak. Ceremonii poświęcenia dokonał Ks. Władysław Wesołowski. W roku szkolnym 2001/2002 gimnazjum osiągnęło swój pełny kształt. W 9 oddziałach uczyło się 217 uczniów. Pracowało w nim 18 nauczycieli.

Od 1 września 2002 roku obowiązki dyrektora gimnazjum powierzono Panu Jerzemu Adamowiczowi. Po czterech latach funkcjonowania gimnazjum w trudnych warunkach lokalowych i organizacyjnych, 25 lipca 2003 r. oddano do użytku nowy obiekt szkolny. Budynek gimnazjum o powierzchni użytkowej 2 892 m2, w tym 300 m2 sali gimnastycznej, spełnia wszelkie warunki techniczne. Jest dwupiętrowy, przystosowany dla osób niepełnosprawnych. Znajduje się w nim 14 gabinetów i pracowni lekcyjnych, świetlica, czytelnia, biblioteka, stołówka, pomieszczenia kuchenne, sala gimnastyczna, sala konferencyjna oraz pomieszczenia pomocnicze i służbowe.

adamowicz

1 września 2003 r. 240 uczniów gimnazjum usłyszało pierwszy dzwonek już w nowym budynku. To była wielka radość dla wszystkich  ‑ uczniów, nauczycieli, pracowników szkoły i rodziców - piękne sale lekcyjne, przestronne korytarze. Większość uczniów gimnazjum zamieszkuje w miejscowościach oddalonych od szkoły wiele kilometrów i codziennie dojeżdża autobusem szkolnym lub PKS-u. Od początku istnienia gimnazjum działał Samorząd Uczniowski i Rada Rodziców. Nauczyciele i uczniowie starali się, aby szkoła tworzyła swoją tradycję, swój indywidualny i niepowtarzalny wizerunek. Corocznie uczniowie wyjeżdżają na wycieczki dydaktyczne, biwaki integracyjne.

Tradycją stało się organizowanie imprez tematycznych, między innymi: Turnieju Klas, Gimnazjady, Otrzęsin i innych uroczystości.

Od 1 września 2013 r. dyrektorem  szkoły jest Pani Ewa Malinowska.  W szkole uczy się 164 uczniów w 6-ciu oddziałach.